Với mô hình tổ chức mạng, các đoàn thể thành viên của Mạng Lưới đều hoàn toàn bình đẳng và sẵn sàng yểm trợ các hoạt động chung trong khi vẫn duy trì các tổ chức riêng và các hoạt động độc lập của mình. MLNQVN có 3 cơ cấu chính: Ban Phối hợp, Ban Giám sát, và Ban Cố vấn.[3] Cho đến 2019, bốn vị sau đây đã được các Đại hội định kỳ tín nhiệm vai trò Trưởng ban Phối Hợp MLNQVN: GS Nguyễn Thanh trang (1997-2005 và 2007-2009),[4] Ô. Lê Minh Nguyên (2005-2007),[5] Ô. Nguyễn Kim Bình (2017-2019), và TS Nguyễn Bá Tùng (2009- 2017, và 2019 đến nay).[6]